In jedem Jahr wird der Biogas-Innovationspreis der Deutschen Landwirtschaft für die beiden innovativsten Einsendungen vergeben. Dieser Innovationspreis ist  in zwei Kategorien aufgeteilt. Er wird für die  Wissenschaft und die Wirtschaft vergeben. Hervorzuheben ist, dass der Wissenschaftspreis mit 10.000,00 € dotiert ist, die die Landwirtschaftliche Rentenbank zur Verfügung stellt.

Die beiden Preisträger werden aus den Einsendern im Rahmen des call for papers ermittelt. Zunächst wählt die Jury aus allen Einsendungen die 15 interessantesten Innovationen aus, die dann im Plenum des Kongresses vorgestellt werden. Aus diesen 15 wiederum werden die beiden Preisträger ermittelt.